مأموریت ستاد امور جوانان و نخبگان وزارت جهاد کشاورزی عبارت است از:
شناسایی، بهکارگیری، ساماندهی، پایش و نگهداشت نخبگان، جوانان و صاحبان استعدادهای برتر ملی و بینالمللی بخش کشاورزی و منابع طبیعی از طریق شبکهسازی، ارزیابی، انتقال تجربیات، هویت بخشی، شایسته پروری و مشارکت فعال اجتماع نخبگانی، به‌منظور کمک به افزایش کارآمدی و ارتقاء بهرهوری، حکمرانی بخش کشاورزی و منابع طبیعی، ارتقاء نفوذ دانش، نوآوری و فناورهای نوین با تأکید بر فناوریهای دیجیتال در تحقق اهداف امنیت غذایی و پایداری اکوسیستم، با اتکا به ظرفیتسازی، انگیزش و تقویت روحیهی نخبه پروری، بومیسازی و گسترش فناوری‌ها در چارچوب قانون اساسی و اسناد بالادستی و رعایت باورهای ملی و دینی جامعه مبنی بر جلوگیری از رکود علمی و عملی، دلسردی و مهاجرت جوانان و نخبگان برای پشتیبانی از ذی‌نفعان و کنشگران مختلف در گستره کشاورزی و منابع طبیعی کشور».